Certaines plantes permettent d'amener des nutriments dans le système (ex : légumineuses).

Certaines cultures peuvent également servir d'engrais vert.

Par ailleurs, la cohabitation de plusieurs espèces peut permettre une exploration plus complète des horizons du sol, et donc une meilleure exploitation des ressources.

L'association de culture peut permettre de favoriser la présence d'auxiliaires ennemis des bioagresseurs par différents mécanismes

• Plante relais : Une culture associée peut fournir une ressource alimentaire à un auxiliaire même en l'absence du bioagresseur concerné.
• Bouclage du cycle : la présence d'une seconde culture peut permettre à un auxiliaire de boucler son cycle sur la parcelle, par exemple en hébergeant des hôtes alternatifs.
• Nourriture des stades non auxiliaires : Les stades non auxiliaires (ex: adultes de parasitoïdes) ont besoin de nourriture qui peut n'être pas fournie par la culture principale (ex: nectar). L'association de culture peut permettre de fournir cette nourriture aux auxiliaires.
• Gîte : Certains auxiliaires nécessitent un abri qu'au moins une culture de l'association peut leur fournir, même si ce n'est pas cette culture qui bénéficie de leurs présence.

De nombreux mécanises permettent de limiter la pression des bioagresseurs en associant des cultures :

• Aération de la parcelle
• Effet barrière
• Dilution
• Répulsion
• Désorientation
• Plantes pièges
• Plantes indicatrices de la présence du bioagresseur

La présence de plusieurs cultures peut permettre d'avoir différents types racinaires (pivotants, traçants...) entrainant une amélioration de la structure du sol.

La couverture du sol entre les rangs d'une culture par des cultures associées permet de limiter l'érosion et de stabiliser le sol.

L'association de cultures peut permettre une meilleure gestion de l'eau à l'échelle de la parcelle, par différents mécanismes :

• Infiltration de l'eau
• Limitation de l'évaporation
• Exploration plus complète des compartiments du sol

Par ailleurs, une couverture végétale du sol optimisée par l'association de cultures limite le ruissellement et donc la pollution des eaux superficielles par les produits phytosanitaires ou les fertilisants utilisés sur la parcelle.